En el transcurso del siglo XX, la historiografía chilena experimentó profundos cambios con respecto a la tradición de los grandes historiadores liberales del siglo XIX, a pesar de que también tuvo exponentes de esta tendencia destacando Ricardo Donoso. Éstos se debieron a una confluencia de factores, entre los cuales predominaron las pugnas ideológicas propias de la época y la progresiva profesionalización de los estudios históricos, merced a la creación de institutos y departamentos especializados en distintas universidades del país. Hoy día, aunque la historia centrada en los sucesos políticos siga concentrando la atención de los medios de comunicación y el debate público, nuevos ámbitos de estudio como la historia social, económica y cultural han logrado insertarse sólidamente el ambiente académico.

La discusión ideológica generada en las primeras décadas del siglo XX a raíz de la crisis de legitimidad del viejo orden oligárquico, marcó el rumbo de los estudios históricos durante gran parte de la centuria. Surgió entonces la escuela conservadora, la que alcanzó un grado de influencia social e ideológica de tal magnitud que prácticamente monopolizó el debate historiográfico hasta inicios de la década de 1960. Sus mayores exponentes, entre ellos Alberto Edwards, Francisco Antonio Encina y Jaime Eyzaguirre, realizaron una ácida crítica del liberalismo decimonónico y de las transformaciones sociales que habían ocurrido a partir de la década de 1920, entendiendo éstas como el resultado de un largo proceso de decadencia de las instituciones políticas que se había iniciado en el último tercio de siglo XIX. En diversos grados, los historiadores conservadores rechazaban la modernidad y postulaban el reemplazo de la democracia representativa por un régimen autoritario que garantizara el mantenimiento del orden social y la fe católica.

A mediados de siglo, surgieron dos nuevas corrientes historiográficas que compitieron con la escuela conservadora. La primera, de talante marxista, orientó sus esfuerzos a la reconstrucción y rescate de la historia del proletariado nacional, tomando como sustento teórico el materialismo dialéctico de Karl Marx. Aunque los historiadores de la escuela marxista -entre los que se encontraban Julio César Jobet y Hernán Ramírez Necochea- fueron criticados por el carácter político-ideológico que le imprimieron a sus estudios, su legado perduró en las nuevas generaciones que en la década de 1980 desarrollaron una nueva historia social centrada en los sujetos y movimientos populares chilenos. La segunda corriente, en cambio, nació de la mano de un grupo de historiadores que realizó una verdadera renovación historiográfica al introducir nuevas técnicas y metodologías de investigación. Junto a ello, estos historiadores -Mario Góngora, Álvaro Jara, Rolando Mellafe y otros- incursionaron en temas que tradicionalmente habían sido descuidados por la historiografía como la economía y la demografía.

Sin embargo, las transformaciones más importantes estuvieron relacionadas con la progresiva profesionalización de los estudios históricos. La creación de institutos y departamentos de historia en la Universidad Católica de Valparaíso, la Pontificia Universidad Católica de Chile y la Universidad de Concepción a fines de los años sesenta, generó nuevos espacios académicos y de investigación especializada. Tras el desmembramiento de la Universidad de Chile en la década de 1980 y la creación de universidades regionales en todo el país, se crearon nuevos departamentos de historia en gran parte de ellas, los que aportaron a la profesionalización de la historiografía regional y su posicionamiento en los circuitos académicos. Durante las dos últimas décadas del siglo XX, la progresiva especialización de los estudios históricos y la aparición de programas de postgrado aportaron nuevas temáticas y enfoques metodológicos, destacándose una renovada historia cultural, más preocupada de los fenómenos culturales que de la "alta cultura" de la élite. Empero, aún subsisten áreas de investigación que permanecen alejadas de ámbito académico o que se han desarrollado de manera paralela a éste. La genealogía y la historia local son buenos ejemplos de ello, aunque en el caso de la historiografía eclesiástica se han mantenido lazos importantes con el mundo universitario.

Como balance general del siglo XX, se pueden observar ciertas tendencias que incluyen una creciente especialización y diversidad temática, el predominio de investigaciones "de archivo" por sobre las grandes interpretaciones globales y los esfuerzos por establecer un catálogo unificado de todas las obras históricas producidas durante el período.