Aunque el modelo misional establecido por la Compañía de Jesús en Paraguay tenía antecedentes en otras experiencias, como el sistema de doctrinas que había instalado la orden en Juli -en el altiplano peruano- a mediados del siglo XVI, las reducciones guaraníes tuvieron características únicas, marcadas por un contexto de frontera.

A partir de 1609, año en que se fundó la misión de San Ignacio Guazú en la zona oriental de Paraguay, la expansión de las reducciones fue rápida, merced a un decreto real que eximía a los indígenas asentados en las misiones de cualquier trabajo forzado, y en menos de 25 años ya eran más de 43 misiones en un amplio territorio que abarcaba desde el actual territorio del Mato Grosso hasta Uruguay.

Las misiones fundadas en Paraguay durante las tres primeras décadas del siglo XVII se encontraban desperdigadas por un vasto territorio, que abarcaba casi toda la cuenca del Río de la Plata, desde los actuales estados de Matto Grosso y Paraná en Brasil hasta el norte de Uruguay y Argentina. Las incursiones esclavistas de los bandeirantes brasileros obligaron a concentrar la población en un territorio mucho más reducido y compacto, lo que facilitó la adminisración del territorio misional de una manera más ordenada. La formación de milicias integradas por indígenas guaraníes bajo el mando de misioneros jesuitas estabilizó la frontera y contuvo las incursiones brasileras, al mismo tiempo que aseguró la independencia de las reducciones ante las autoridades coloniales.

Aunque las primeras misiones levantadas en el siglo XVII estaban construidas con materiales precarios como adobe y paja, ya en el siglo siguiente comenzaron a edificarse grandes iglesias de piedra, al tiempo que se reforzaban las murallas de los pueblos, fundamentales para protegerse de las incursiones de los bandeirantes. En general, los pueblos tenían una gran plaza ceremonial en su centro, frente al cual se alzaba la iglesia, mientras que a los costados se ubicaban las viviendas de los solteros y de los casados, así como los talleres artesanales del pueblo.

La habilidad y la capacidad de crear una economía autosuficiente que asegurara buenos rendimientos productivos y al mismo tiempo independencia y autonomía frente a los colonos españoles fue tal vez la característica principal del sistema organizado en las reducciones. La relativa prosperidad que alcanzaron las reducciones jesuíticas generó fuerte resistencia en la sociedad hispanocriolla de Paraguay, que no era capaz de aceptar que una sociedad indígena pudiera llegar a un nivel de desarrollo aceptable por sí misma.