Fruto de sus años iniciales son estas tres clásicas obras de Villalobos. En Tradición y Reforma analiza el proceso previo a la formación de la Primera Junta de Gobierno, en 1810. Para el autor, lejos de constituirse como un factor revolucionario, la Junta reflejó la fidelidad de los vecinos al rey español, prisionero por el ejército de Napoleón Bonaparte. En ese sentido, el proceso de independencia sólo puede entenderse considerando los fenómenos políticos posteriores, sin que los hechos del 18 de septiembre de ese año tengan más valor que el simbolismo que la historiografía del siglo XIX creó para reforzar el sentido de nacionalidad.

Por su parte, el Índice de la Colección de Historiadores es un trabajo acucioso, elaborado a partir del trabajo que Villalobos realizó en sus tiempos como ayudante de Guillermo Feliú Cruz. La Colección, compilada por José Toribio Medina, es clave para entender el tortuoso período del inicio de la República. Villalobos al sistematizar los conocimientos en ella entregados, no sólo realizó un trabajo metodológico de gran ayuda al investigador, sino que también hizo accesible una obra monumental imprescindible, pero de complejo acercamiento.

Por último, Diego de Almagro :descubrimiento de Chile (1954) es una muy interesante aproximación a la vida y obra del infortunado explorador, permitiendo de paso conocer la sociedad del periodo de la conquista. Se trata de un trabajo inicial de Villalobos, escrito a los 26 años, y en donde se avizora su calidad investigativa y la claridad de su prosa, características que ha perfeccionado a lo largo de su carrera historiográfica.