El tema relativo a la filosofía moral resultó ser altamente significativo, tanto para el positivismo conservador como para el liberal.

Dado el marcado carácter laico y secular que sustentaba a ambas corrientes, adquiría una importancia fundamental la institución y el respeto de la ley, del derecho y del actuar moral individual y social.

La sociedad entera era la que debía organizarse y autodeterminarse políticamente a partir de sus propias necesidades y de la razón natural de sus respectivos miembros, evitando así que la conducción de su destino estuviera guiada en su totalidad por instituciones de carácter religioso que reclamaran indebida injerencia en asuntos civiles y políticos. El racionalismo inherente al pensamiento positivista y liberal creía, por lo general, en la inmanencia del poder de las instituciones políticas. Porque, desde su perspectiva, sólo el hombre y la confianza en su propia razón y en sus propias capacidades críticas, podían permitir el logro de la tan añorada autodeterminación política, individual y social.

La aguda intromisión de la Iglesia representaba un retroceso y en última instancia impedía la consecución del progreso y la libertad. El establecimiento de un régimen republicano laico que, sin embargo, respetara la libertad de cultos, parecía ser la solución a dicha indebida intromisión.

La república y sus diversas instituciones políticas debían ser, entonces, las encargadas de asegurar y promover amplias garantías de desarrollo.

Un estado laico, por tanto, debía constituirse bajo sólidos fundamentos morales que pudieran guiar racionalmente a la consecución de los objetivos previamente enunciados. Por ello, las reflexiones en torno a la filosofía moral adquirieron importancia gravitante: la comprensión inmanentista de lo real, característica del positivismo, le obligó a establecer criterios morales orientados por la razón natural y no por consideraciones religiosas trascendentales.

Para el positivismo en general, y para el chileno en particular, la única posible trascendencia a considerar era aquella inherente al desarrollo y al progreso individual y social. En otras palabras, la trascendencia sólo era posible en la medida en que las diversas generaciones establecieran en continuidad, y desde su propia razón natural, la autodeterminación de los objetivos sociales y políticos a alcanzar.

Desde esta perspectiva, puede entenderse ahora el hecho no casual de que parte del positivismo chileno se sintiera inclinado al liberalismo político y económico.

Por otra parte, y aunque su influencia no resultó ser tan significativa, es necesario sindicar la particular perspectiva reformista de la ética sostenida por Stuart Mill y por Spencer. Ambos autores fueron conocidos y debatidos, sobre todo por Lastarria y Valentín Letelier.