Toda la obra intelectual de Diego Barros Arana se circunscribió a las ideas que en el siglo XIX caracterizaban a la investigación y escritura histórica. En aquel siglo, en Europa y gran parte del mundo, la Historia adquirió el estatus moderno de disciplina científica al alero de las universidades, cuya principal característica fue la convicción de acceder a un conocimiento objetivo del pasado a través de la investigación metódica de fuentes escritas. A partir de la segunda mitad del siglo, la Historia fue influida por el positivismo. La historia positivista en Chile insistió en el tratamiento científico del pasado que, siguiendo el modelo de las ciencias naturales, creía la posibilidad de hallar leyes universales que determinaban el curso de la historia humana. Sostenía además una incuestionable fe en el progreso del hombre y las naciones.

La disciplina histórica halló en la Universidad de Chile y en las orientaciones de Andrés Bello los marcos para su desarrollo como ciencia rigurosa e institucionalizada. En esta Universidad se crearon espacios concretos como memorias anuales, certámenes y discursos para que se desarrollaran los estudios históricos nacionales. Precisamente el 7 de diciembre de 1856, Barros Arana, como miembro de la Facultad de Humanidades, presentó la memoria titulada Las campañas de Chiloé (1820-1826).

Hacia 1848 se enfrentaron dos visiones acerca de la forma de escribir Historia en Chile. Por una parte, Andrés Bello defendió la postura de una historia narrativa (ad narradum), apegada al estudio erudito de los hechos y ajena a los entusiasmos ideológicos y políticos. Este método respondía la necesidad de averiguar con certeza los hechos empíricos de la historia nacional. En contraposición, el profesor Jacinto Chacón del Instituto Nacional y, antes que él, José Victorino Lastarria en 1844, abogaron por el método ad probandum para escribir la Historia que se entendía como una narración demostrativa de hipótesis basada en reflexiones filosóficas sobre el pasado nacional. Como ningún otro historiador chileno, Diego Barros Arana llevó a la práctica la concepción de Andrés Bello sobre la Historia. La historia narrativa concebida por Barros Arana era una forma de abordar y escribir sobre el pasado, previo a cualquier intento de síntesis o especulación filosófica sobre el mismo. Promovía que a través de la exposición y descripción de los hechos positivos, relatados fielmente a partir de las fuentes y ordenados cronológicamente, era posible alcanzar la verdad histórica. Ante todo, la visión de la Historia de Diego Barros Arana se fundaba en la acumulación de fuentes y su lectura imparcial, ecuánime y crítica.