En su misión científica al Ecuador, Jorge Juan y, especialmente, Antonio de Ulloa, tuvieron varios roces con autoridades locales. Primero fue el presidente de la Audiencia de Quito, José de Araujo, quien entabló un juicio contra Ulloa por no darle el trato de señoría que correspondía a su investidura. Más tarde, el gobernador de Chile José Antonio Manso de Velasco presentó una queja, acusando a Ulloa de no cumplir la orden de llevar provisiones y refuerzos militares a Valdivia.