La fundación de San Bernardo, cuyo nombre fue elegido en honor al Director Supremo Bernardo O'Higgins (1778-1842), estuvo estrechamente relacionada a la canalización del río Maipo y a Domingo Eyzaguirre Arechavala (1775-1854). En 1811, Bernardo O'Higgins le encargó a Domingo Eyzaguirre y a Joaquín Gandarillas liderar los trabajos de canalización del río. A pesar de que se suspendieron durante la batalla de Rancagua, se reanudaron una vez consolidada la Independencia y la canalización se inauguró, parcialmente, el 20 de agosto de 1820, día de San Bernardo.

En los años siguientes, el gobierno solicitó a Eyzaguirre que dividiera y vendiera los terrenos de los Llanos de Lepe, nombre con el que se conocía a esas tierras, para financiar la ampliación del sistema de regadío. En el centro de estos terrenos se destinó un espacio para la fundación de una villa.

El 9 de febrero de 1821 es la fecha que ha sido considerada para la fundación de San Bernardo. Ese día Bernardo O'Higgins aprobó el reglamento para la venta y distribución de estas tierras, en el que quedó establecido que el terreno destinado para la villa sería de treinta seis cuadras, y que los militares de la Guerra de la Independencia y sus viudas tendrían preferencia para habitarlo.

Posteriormente, Domingo Eyzaguirre presentó un proyecto para fundar oficialmente la Villa San Bernardo y crear un monte de piedad, una institución de beneficencia para reunir y administrar sus fondos. Este proyecto fue aprobado en septiembre de 1830 y, así, San Bernardo fue reconocido como villa.

En 1834 el gobierno del presidente José Joaquín Prieto (1786-1854) creó el departamento de La Victoria y designó a San Bernardo como su capital. Su primer gobernador fue Domingo Eyzaguirre, cargo que ocupó hasta 1845. Diez años más tarde, en 1855, fue creada la Municipalidad de La Victoria. Finalmente, en 1894 esta municipalidad pasaría a llamarse San Bernardo, denominación que conserva hasta la actualidad.