Parlamentarios e intelectuales de ideología liberal se opusieron a la obligatoriedad de la vacuna propuesta por los médicos higienistas de la época. Los argumentos en contra de esta medida se relacionaron con la defensa de la libertad individual y la supuesta transmisión de enfermedades que acompañaba a la vacunación. Las cartas y escritos de ambos grupos muestran las tensiones y dificultades asociadas a la implementación de una política de vacuna durante la segunda mitad del siglo XIX y los primeros años del siglo XX en Chile.

De acuerdo a sus opositores, la vacunación obligatoria transgredía el derecho a la libertad individual, pues el Estado no podía forzar a la población a recibir el fluido en contra de su voluntad. Una de las diferencias que tuvieron higienistas y liberales se relacionó al rol que debía cumplir el Estado en la salud de la población. Como plantea la historiadora Josefina Cabrera, "la vacunación obligatoria como medida preventiva exigía al Estado hacerse cargo de la salud de los ciudadanos, idea que aún no era aceptada por las elites políticas" ("¿Obligarse a vivir o resignarse a vivir? Viruela y vacuna: el debate sobre una enfermedad y su prevención a comienzos del siglo XX en Chile", pp. 54-55).

Entre las figuras de ideología liberal que se opusieron a esta medida estaba el profesor Ipólito Kontreras, quien señaló que la vacunación obligatoria "no debiera formar parte de ninguna bandera social porque ella es un atentado a la libertad i a la dignidad del hombre" (La Espada de Damocles: carta abierta, acerca de la vacuna i la hijiene con motivo del proyecto sobre la vacunación obligatoria en el país, p. 9). Los médicos respondieron a estos argumentos entendiendo la libertad de otro modo. Adolfo Murillo, en un discurso pronunciado en la Cámara de Diputados en 1883 sostuvo que "la libertad es el uso del derecho en su sentido más absoluto, siempre que vaya encaminada al bien, jamas al mal (…) Sostengo que nadie tiene derecho para ser un foco de infección que perjudique al vecino, i que la autoridad debe velar por el derecho de terceros" (Vacunacion obligatoria. Discurso pronunciado en la Camara de Diputados, p. 26).

Otro de los argumentos defendido por quienes rechazaron la vacunación obligatoria fue que este método preventivo podía transmitir la viruela y otras enfermedades contagiosas. Los médicos negaron esta acusación señalando que la vacuna no transmitía la viruela y que el peligro de transmisión de otras enfermedades era muy remoto (Cf. Allende, Ramón. La viruela: la vacuna: apuntes). En 1885, la Junta Central de la Vacuna señaló en su memoria que gracias a la supervisión médica y al reconocimiento previo de los niños a los que se les suministraba la vacuna, no había peligro de que este método transmitiera otras enfermedades.

Los opositores a la obligatoriedad de la vacuna también presentaron argumentos económicos para rechazar dicha medida, pues plantearon que si se les imponía recibir el fluido a los trabajadores que se resistían a la vacunación, estos dejarían sus puestos, lo que afectaría a la economía nacional. Por otra parte, los higienistas también utilizaron argumentos económicos para defender la inmunización de la población, refiriéndose a las pérdidas económicas que generaron las epidemias.