El afán de llevar a cabo una completa recopilación e investigación de fuentes para la escritura de la historia colonial de Hispanoamérica, llevó a José Toribio Medina a buscar materiales complementarios para esos efectos.Uno de los elementos fundamentales fue la compilación de cartas, mapas y planos de Chile e Hispanoamérica colonial. Este proyecto lo llevó a cabo a través de la publicación de dos textos que puso a disposición del público, además de crear una colección personal de esos materiales, que luego donó a la Biblioteca Nacional de Chile junto con el resto de su biblioteca.

El primero de estos textos fue el Ensayo acerca de una mapoteca chilena de 1889, producido y publicado por Medina a través de su imprenta "Ercilla". La metodología que usó fue el registro todos los títulos de mapas y planos -junto con sus autores- que encontró al momento de realizar sus lecturas sobre Chile y otros países de América. Luego, lo complementó con su mapoteca personal.

La Mapoteca fue dividida en cinco partes: una primera compuesta por representaciones cartográficas de América del Sur; la segunda, compuesta por mapas en los que aparece Chile; mapas específicos de Chile en la tercera; material sobre la Patagonia Occidental; y en la quinta y última, mapas de las islas del Pacíficos bajo soberanía chilena.En el prólogo del volumen, Medina hizo referencia además a la "Mapoteca Colombiana" del intelectual colombiano Ezequiel Uricoechea, señalando que pudo complementar, adelantar y superar ese trabajo publicado en 1860, que era una de las más completas recopilaciones cartográficas de América hasta ese momento.El índice de materiales cartográficos fue acompañado por una introducción en la que Medina confeccionó un relato histórico para contextualizar su contenido.

El segundo texto cartográfico fue publicado en 1924 con el título de Cartografía hispano-colonial de Chile: texto con noticias históricas, que contiene una introducción de Ernesto Greve, Inspector General de Geografía. En la "Noticia Histórica Preliminar", José Toribio Medina destacó que "nuestro propósito se limita a catalogar las fuentes cartográficas de procedencia hispana en lo referente a Chile, sin hacer caudal de mapas o planos que procedan del extranjero. […] Nuestro programa abarca la historia y descripción de esos documentos cartográficos, cuando ha sido posible obtenerlos, acompañándolos de los datos biográficos que de sus autores hayamos logrado encontrar" (Medina, José Toribio, Cartografía hispano-colonial de Chile, texto con noticias históricas, con introducción de Ernesto Greve, Impr. Universidad, 1924, p. 9). Entre los materiales más destacados de ese texto se encuentran la "Tabvla Geogrphica Regni Chile" (1645), el "Mapa geográfico de América Meridional" (1775) de Juan de la Cruz Cano y Olmedilla, y el "Plano general del reyno de Chile" (1793).