Como respuesta a la rápida difusión de la doctrina espiritista en Chile, los católicos se opusieron públicamente a ella, acusándola de ser una obra del demonio y enemiga del catolicismo. Por su parte, los espiritistas se defendieron de estas afirmaciones argumentando que existían numerosas semejanzas entre el espiritismo y el catolicismo, acudiendo a textos bíblicos para amparar su doctrina.

La oposición católica al espiritismo se reflejó en folletos, conferencias y artículos de prensa. Una de las primeras manifestaciones de la Iglesia católica en contra de esta doctrina fue un edicto pastoral que el obispo de Concepción publicó en 1862, donde condenó la obra El Libro de los Espíritus de Allan Kardec (1804-1869). Asimismo, "el primer enemigo público no eclesiástico" del espiritismo fue José Ramón Ballesteros, quien luego se transformó en su seguidor (Manuel Vicuña. Voces de ultratumba. Santiago: Taurus, 2019, p. 43). En 1874, Ballesteros publicó un folleto titulado Algo sobre espiritismo donde analizó la doctrina espiritista desde el punto de vista católico y acusó que no era más que "la resurrección del paganismo con sus ritos diabólicos i sus infames misterios" (Santiago: Imprenta de "La Estrella de Chile", p. 4).

En repetidas ocasiones estas acusaciones se transformaron en disputas entre los seguidores de ambas doctrinas. En 1876 espiritistas y jesuitas se enfrentaron a raíz de unas conferencias pronunciadas en el Colegio San Ignacio en contra del espiritismo. Ese mismo año, el misionero C.F. Benech acusó a los espiritistas de despreciar la Iglesia Católica (cf. El espiritismo, los espíritus i los espiritistas en Santiago de Chile. Santiago: Imprenta del Correo Ramón Varela, 1876). Ante ello, un espiritista afirmó que Benech ignoraba la doctrina y lo desafió a encontrar en los libros espiritistas "algún concepto que no sea perfectamente ajustado a la moral y enseñanza de Cristo" (Espiritismo: contestación al folleto titulado "El espiritismo, etc." escrito por el padre misionero Frai C.F. Benech. Santiago: Imprenta de la República de J. Núñez, p. 27)

Uno de los temores que la Iglesia Católica manifestó en este período fue la propagación del espiritismo entre sus fieles. Este temor se reflejó en una conferencia ofrecida en agosto de 1907 por el presbítero y rector de la Universidad Católica Rodolfo Vergara Antúnez (1847-1914). En ella, además de oponerse públicamente al espiritismo, afirmó que había llegado el momento de "denunciar este peligro, arrancando el antifaz al pérfido seductor que avanza entre las sobras" (El Diario Popular, 3 de septiembre de 1907, p. 1) y señaló que los cristianos estaban obligados a abstenerse de practicarlo.

En este mismo período, espiritistas chilenos negaron estar en contra del catolicismo y aseveraron fundar la comunicación con los espíritus en las bases del cristianismo. La revista espiritista Reflejo Astral, el 26 de agosto de 1901 publicó un artículo donde presentó la "semejanza entre los fenómenos del espiritismo y los de la mística católica", entre los que se encontraban los milagros católicos realizados por espíritus. Años más tarde, otra publicación espiritista señaló que los primeros cristianos sabían comunicarse con "las almas de los muertos" ("Un papa espiritista", La Voz de los Muertos, n° 5, 1907, p. 1).

Sin embargo, el espiritismo ha sido asociado en Chile con el proceso de secularización. De acuerdo al historiador Manuel Vicuña, el espiritismo fue "producto y causa de la secularización", pues si bien por un lado rescató elementos propios del catolicismo, tales como la creencia en Dios y en la inmortalidad del alma, por otro se empeñó en "demoler el edificio teológico del catolicismo" (Voces…, p. 188).